APG IVからの変更点と根拠

APG Vの論文によれば、APG IVの分類の大部分は葉緑体と核の両方の解析で支持されており、目レベルの変更は少数にとどまります。変更は、十分に支持された核ゲノムの解析結果（とくに葉緑体ゲノム全体の解析とも矛盾しないもの）に基づくこと、小さな科を近縁の科に統合する場合があること、不一致が大きい群は未配置とすることを方針として行われています。以下、論文の記述に沿って整理します。

目レベルの変更

マメ群とアオイ群の再編。 APG IVの根拠となった葉緑体ゲノム解析（Li et al., 2021）では、マメ群とアオイ群が姉妹群となり、COM clade（Celastrales、Oxalidales、Malpighiales）はマメ群に含まれていました。一方、ミトコンドリアと核の解析からはより複雑な進化の様子が示され、Sun et al.（2015）はバラ群の初期の分岐で深い網状進化が起きた可能性を示しました。Zuntini et al.（2024）では、COM の3目は単系統にならず、いずれもアオイ群に入ります。One Thousand Plant Transcriptomes Initiative（2019）、Yang et al.（2020）、Xiang et al.（2024）、Zuntini et al.（2024）、Zhao et al.（2025）の核DNA系統樹はいずれも、マメ群を窒素固定性の4目（Cucurbitales、Rosales、Fagales、Fabales）に限る結果を示しており、Lin et al.（2025）のミトコンドリア遺伝子解析でも同様の結果が得られています。こうして APG Vでは、マメ群をこの4目に限り、アオイ群に COM の3目を含めました。核とミトコンドリアの解析では、Huerteales、Picramniales、Huaceae もアオイ群に近縁とされています。一方、Crossosomatales、Geraniales、Myrtales、Zygophyllales の位置は明確ではありません。ただし、Huaceae 以外では、これらの変更は APG IVの科や目の範囲には影響しません。

Huaceae の目への未配置。 Huaceae は APG IVでは Oxalidales に置かれていましたが、葉緑体のみの系統樹では支持が一定せず、Zuntini et al.（2024）では Celastrales や Malpighiales に近縁で Oxalidales とは近縁でないという結果が出ましたが、具体的な位置は十分に支持されていません。そのため、位置がより明確になるまで目に未配置の科とされました。Huales を認める提案もありますが、Huaceae の位置が不確かなためAPG Vでは採用されていません。

Cucurbitales の範囲と Rafflesiaceae、Peraceae。 Apodanthaceae は、葉緑体DNA（Li et al., 2021）などで Cucurbitales に置かれてきましたが、Zuntini et al.（2024）では Malpighiales のほとんど（またはすべて）の姉妹群となり、ただし遺伝子の回収率は低いと注記されています。1000を超える核遺伝子座を用いた Alzate et al.（2024）では、Apodanthaceae が Rafflesiaceae の姉妹群として強く支持されました。Apodanthaceae はもともと Rafflesiaceae に含められてきた経緯があり、APG Vでは Apodanthaceae を Rafflesiaceae（Malpighiales）に含め、Cucurbitales から除きました。ただし、2135の核遺伝子を解析した Cai et al.（2026）は、Rafflesiaceae の位置が手法により変わることを示し、このような寄生植物は現在の手法やゲノムデータでは明快に解決できない系統的な「危険地帯」にあると指摘しています。この変更に伴い、APG IVで Rafflesiaceae との関係から Euphorbiaceae より分離されていた Peraceae は、Zuntini et al.（2024）で Euphorbiaceae の姉妹群となったため、Euphorbiaceae に戻されました。

Vitales と Saxifragales。 APG IVでは、Vitales がバラ群に、Saxifragales が superrosids に含められていました。これは葉緑体の解析結果を反映したものです。ミトコンドリアの樹では両者はバラ群とキク群の外側に置かれ（Lin et al., 2025）、核の樹（Xiang et al., 2024; Zuntini et al., 2024; Zhao et al., 2025）では、Vitales と Saxifragales が順にバラ群の姉妹群となり、葉緑体の結果とは位置が逆になります。APG Vでは、両者をバラ群に近縁な目として superrosids に含めました。

Caryophyllales と Santalales。 葉緑体の解析（Li et al., 2021）では、Caryophyllales と Santalales は superasterids に含まれていました。しかし、核とミトコンドリアの解析では、これらをどこに置くべきかが定まりません。APG Vでは、Berberidopsidales はキク群の姉妹群であるため superasterids に残しますが、Caryophyllales と Santalales は superrosids と superasterids のどちらにも含めず、位置未確定として扱います。いずれも目や科の範囲には影響しません。

Ceratophyllales と Chloranthales、Ericales。 Ceratophyllaceae は、葉緑体と核の両方の解析（One Thousand Plant Transcriptomes Initiative, 2019; Yang et al., 2020; Guo et al., 2021 など）で真正双子葉類の姉妹群として中程度から強い支持を得ています。ところが Zuntini et al.（2024）は、支持は弱いものの、ANA 群を除くすべての被子植物の姉妹群という結果を得ています。このため APG Vは、Ceratophyllaceae を真正双子葉類に含めず、非公式の群「ceratophyllids」として扱いました。Chloranthaceae は、複数の核DNA解析（Guo et al., 2021; Zuntini et al., 2024）でモクレン類の姉妹群として支持されたため、Chloranthales が引き続き認められています。Ericales は、Cornales の祖先と大きなキク群の祖先との間で約1億2000万年前に起きた古代の雑種形成の産物とみられ（Stull et al., 2020）、位置の確定が難しいため、雑種起源の可能性を注記して分類しています。

キク群での目の新設と再編。 核の解析で、Oncothecaceae は他の目から孤立したキキョウ群の科として強く支持される（Stull et al., 2020; Zhang et al., 2020）ため、Oncothecales（Oncothecaceae のみ）が新たに認められました。これに伴い、Icacinales は Icacinaceae のみに限られました。Cardiopteridales（Cardiopteridaceae と Stemonuraceae）も新たに認められています。この2科は、葉緑体の解析（Li et al., 2021 など）では Aquifoliales に含まれていましたが、核の解析（Zhang et al., 2020; Zuntini et al., 2024）ではシソ群の大きな群の姉妹群となるためです。その結果、Aquifoliales は Aquifoliaceae と Helwingiaceae だけに限られます。Cassinopsis は Icacinaceae から Metteniusaceae に移されましたが、これは葉緑体と核の解析結果の不一致を示す例であり、核の解析結果は微細形態の共有派生形質とよく一致します（Stull et al., 2020）。Bruniales は Bruniaceae のみに限られ、Columelliaceae は Dipsacales と Escalloniales に近い目未配置の科となりました（Zhang et al., 2020; Zuntini et al., 2024）。Zuntini et al.（2024）では Bruniales はキキョウ群の中で位置が定まらず、葉緑体の解析（Li et al., 2021）で見られた Dipsacales や Apiales との近縁性は支持されていません。Columelliaceae が両目の姉妹群と確定すれば Columelliales が妥当になるとされています。

科レベルの変更

科の範囲が広げられたものとして、論文は次の7つを挙げています。

Asparagales では、Tecophilaeaceae に Ixioliriaceae が含められました。核の解析で Ixiolirion が Tecophilaeaceae の姉妹群として支持されること、葉緑体の解析では位置がはっきりしない場合があること、形態も似ること（葉のつく茎、鱗茎、多くは子房下位の花）が根拠です。Doryanthaceae の Doryanthes も形態的には Tecophilaeaceae に合いますが、核DNAによる明確な支持がないため、統合は見送られました。

Caryophyllales では、Frankeniaceae に Tamaricaceae が含められました。Frankenia 1属からなる Frankeniaceae は、葉の対生・互生の違いで Tamaricaceae と区別されますが、塩を排出する腺を持つ小さな葉、花弁の基部の鱗片状の付属物、二次代謝産物、花粉の形態などを共有し、古くから近縁な科のペアとされてきました。重複を減らすため統合され、名前は命名法上の先取権のある Frankeniaceae が使われます。また Phytolaccaceae には、Agdestidaceae と Sarcobataceae が含められました。Agdestis が Sarcobatus と姉妹群になり Phytolaccaceae からは離れることは、葉緑体の2領域の解析や葉緑体ゲノム全体の解析で示されており、Zuntini et al.（2024）の核DNAでも似た結果が出ています。そのため、Phytolaccaceae に含めるか、Agdestidaceae を独立の科として認めるかのどちらかを選ぶ必要がありました。APG Vは、Agdestis が形態的に Phytolaccaceae に無理なく収まることを理由に、前者を選んでいます。

Aquifoliales では、Helwingiaceae に Phyllonomaceae が含められました。葉の表面に花序がつくこと（epiphyllous inflorescence）が共有派生形質となる可能性があり、この姉妹ペアを統合すると体系の重複が減ります。複数の葉緑体の解析と、Zuntini et al.（2024）の核の結果もこれと整合します。

Lamiales では、Gesneriaceae に Calceolariaceae と Peltantheraceae が含められました。APG IVでは Peltanthera は未配置のままでしたが、近年のすべての系統解析でこの3者を含む大きなクレードが一貫して支持されるため、最も安定した解決として1科にまとめられました。ペアで花をつける集散花序が Calceolariaceae と大半の Gesneriaceae に共通しますが、これは Peltanthera にはなく、Gesneriaceae のなかにも例外があるため、3者を統合しても形態の多様性は新たには加わりません。亜科による分類を併用することが想定されています。

同じ Lamiales の Orobanchaceae では、Mazaceae、Paulowniaceae、Phrymaceae、Wightiaceae が含められました（Rehmanniaceae はAPG IVで既に含まれていました）。これらの科は、属の構成や系統関係が次々と変わってきたため、Orobanchaceae の範囲を広くとって安定させ、その内部は亜科や族で整理していく方針です。

Ericales では、Pentaphylacaceae に Sladeniaceae が含められました。Yu et al.（2025）の核DNAの解析結果（葉緑体の系統樹では得られなかった関係）と、Sladenia を他の Pentaphylacaceae から分ける明確な形態的特徴がないことから、統合が適切と判断されています。

Malpighiales の Euphorbiaceae に Peraceae が、Rafflesiaceae に Apodanthaceae が含められた経緯は、上記のとおりです。

そのほかの科レベルの変更としては、次のものがあります。

Brassicales では、Salvadoraceae に Bataceae が含められました。Swanepoel et al.（2020）で、Bataceae の Batis が Salvadoraceae の Azima の姉妹群となり、この2者が Salvadora の姉妹群となったためで、花序などの形態も共通します。また、同じ論文で記載された Tiganophytaceae が新たに認められています。ただし、その位置は解析する遺伝子やゲノムによって異なり、Salvadoraceae（Bataceae を含む）の姉妹群とする結果と、Bataceae とともに側系統の Salvadoraceae に入るとする結果（Zuntini et al., 2024）があります。3科は花の形質を多く共有しており統合も可能ですが、現時点の知見では Tiganophytaceae を認めるのが適切とされています。

Santalales は引き続き難しい群として扱われています。Santalaceae と Olacaceae の範囲が見直され、Olacaceae は Erythropalaceae と Strombosiaceae を除き、Aptandraceae、Coulaceae、Octoknemaceae、Ximeniaceae を含むものとなり、Erythropalaceae と Strombosiaceae は独立の科として認められました。Cauz-Santos et al.（2026）は既存の配列データを再整列し、Olacaceae のクレードを83%のブートストラップ値で支持しました。核データを用いた Anderson et al.（2025）の結果も、解像度はやや低いものの同様でした。Balanophoraceae は Santalaceae とは別の科として保たれていますが、暫定的な配置です。Cauz-Santos et al.（2026）の最尤法では Santalaceae に含まれる結果（ブートストラップ値98%）でしたが、Anderson et al.（2025）では含まれず、しかも核遺伝子の回収に問題があるためです。

Dipsacales では、科名が Adoxaceae から Viburnaceae に変わりました。Viburnaceae が Adoxaceae より優先して保存されているため（Turland et al., 2018）、Adoxa を含める場合には Viburnaceae を使うことになります。

維持された点・保留された点

論文は、証拠が不十分であるとして、現行の扱いを維持した例も挙げています。

Dioscoreales は、菌従属栄養植物（Thismiaceae など）の遺伝子が大きく変化していて核遺伝子の回収率が低く、位置の不確かさや長枝誘引の問題があるため、APG IVの科の枠組みが維持されました。Afrothismiaceae、Taccaceae、Thismiaceae は、暫定的に「Dioscoreaceae」に含められています（引用符は、単系統でない可能性があることを示します）。Burmanniaceae と、APG IVの範囲での Dioscoreaceae も、研究によっては非単系統になることが認められています。

Piperales の Hydnoraceae は、研究によって位置が分かれ、核遺伝子の系統樹の35%が Aristolochiaceae に含まれる位置を支持しているため、引き続き Aristolochiaceae に含められています。Lactoridaceae も Aristolochiaceae に含まれます。

Arecales の Dasypogonaceae は、葉緑体の樹では Arecaceae の姉妹群として強く支持されますが、核の結果は遺伝子系統樹間の不一致が大きく、APG IVと同様に Arecales に置きつつ、問題のある配置であると認めています。

Boraginales は、11科または9科に分ける近年の提案が検討されましたが、分けた科の範囲や相互の位置に問題があり、利用者にとっても馴染みのない科が多いため、APG IVと同じく Boraginaceae 1科（目としては Boraginales）のままとされました。亜科による分類を併用することが有用とされています。

Escalloniales と Paracryphiales は、Zuntini et al.（2024）で Escalloniaceae が Paracryphiaceae に至る側系統の群となったものの支持が弱く、遺伝子系統樹の不一致もあるため、現状のまま維持されました。そのほか、Corbichonia を Lophiocarpaceae に含める扱いや、Celastraceae の広い範囲も維持されています。

分類位置不明の分類群（incertae sedis）

APG IVで位置不明とされていた7つの分類群のうち、3つは位置が判明しました。Coptocheile macrorrhiza は Sinningia bulbosa（Gesneriaceae）のシノニム、Hirania rosea は Sapindaceae、Rumphia amboinensis は Canarium strictum（Burseraceae）のシノニムである可能性が高いとされています。残る Atrichodendron、Gumillea（Picramniales または Huerteales の可能性）、Keithia、Poilanedora（Zygophyllales の可能性）の4つは、標本やDNAデータが得られず、引き続き位置不明です。